Nama Pesantren di Babakan Ciwaringin

Nama-nama asrama pesantren Babakan adalah:
Komplek Babakan Utara, terdiri dari
Pondok Pesantren Raudlatut Thalibin yang didirikan oleh KH Amin (saat ini diasuh oleh KH Afif Zuhri Amin). Ini pesantren pertama di Babakan Ciwaringin.
Kemudian Asrama Fatimiyah Ma'hadul Ilmi/AFMI (saat ini diasuh oleh KH Maksum Mochtar)
Pondok Pesantren Asrarur Rafiah (KH Muhtadi Syarief)
Pondok Pesantren Al-Badar (saat ini diasuh oleh KH Tohari)
Pondok Pesantren Mahad at-Talim al-Baqiyah as-Salihah/MTBS (saat ini diasuh oleh Ustadz Yusuf)
Pondok Pesantren Ma'hadul Ilmi (saat ini diasuh oleh Ustadz Hamzah Hariri)
Pondok Pesantren az-Ziyadah (saat ini diasuh KH. Asmawi)
Pondok Pesantren al Barakah (Didirikan oleh KH Syadzili)
Balai Pendidikan Pondok Putri/Bapenpori (saat ini diasuh oleh KH. Amin Fuad)
Pondok Pesantren As-Sanusi (diasuh oleh KH Abdul Kohar)
Pondok Pesantren Dahlia (Ustadz Marzuki)
Pondok Pesantren As-Syuhada (Ustadz Toha Amin)
Pondok Pesantren As-Saadah (Ustadz Abdurrahman)
Pondok Pesantren Ikhwanul Muslimin/PPIM (saat ini diasuh oleh KH Natsir)
Pondok Pesantren at-Taqwa (Ustadz Busyer)
Pondok Pesantren al-Munir (Ustadz Munir)
Pondok Pesantren al-Furqan (Ustadz Hasan)
Pondok Pesantren Al-Mustain (Ustadz Marzuki)
Pondok Pesantren Al-Faqih (didirikan oleh KH M. Thobiin).

Sementara Pesantren Babakan Selatan, terdiri dari:
Pondok Pesantren Miftahul Muta'allimin pesantren pertama di wilayah Selatan (Didirikan oleh Kyai Mad Amin, saat ini diasuh oleh KH Syarief Hud Yahya)
Pondok Pesantren Assalafie (didirikan oleh KH Syaerozi, saat ini diasuh oleh KH Azka Hammam Syaerozi dan KH Yasyif Maemun Syaerozi)
Pondok Pesantren Muallimin-Muallimat (didirikan oleh KH. Amin Halim, saat ini diasuh oleh KH Zamzami Amin dan KH Marzuki Ahal)
Pondok Pesantren Assalam (diasuh oleh KH Mukhtasun)
Pondok Pesantren Kebon Jambu (didirikan oleh KH Muhammad, saat ini diasuh oleh Ustadz Asror Muhammad)
Pondok Pesantren Raudlatul Banat (didirikan oleh KH Syarief Hud Yahya)
Pondok Pesantren Al Muntadhor (diasuh oleh KH Burhanuddin)
Pondok Pesantren Al Hikmah (diasuh oleh KH Nasihin Aziz)
Pondok Pesantren Hadiqah Usyaqil Quran/HUQ (Diasuh oleh KH Nurhadi Thayib)
Pondok Pesantren al Ikhlas (diasuh oleh KH Mukhlas)
Pondok Pesantren Asshalihah (didirikan oleh KH Hasan Palalo)
Pondok Pesantren al Huda (diasuh oleh Ustadz Rumli Muntab)
Pondok Pesantren Masyarikul Anwar (diasuh oleh KH Makhtum Hanan)
Pondok Pesantren Al Kamaliyah (diasuh oleh KH Tamam Kamali)
Pondok Pesantren Al Kautsar (KH Muhaimin)